6 год обучения. После нападения отряда Пожирателей Смерти во главе с самим Лордом Волан-де-Мортом на Министерство Магии, отрицать возвращение Того-Кого-Нельзя-Называть было уже невозможно. Бывший Министр Магии Корнелиус Фадж был смещен с поста, а его место занял опытный мракоборец Руфус Скримджер. А спустя несколько дней, Темный Лорд начал нападать в открытую. Каждый день заголовки газет сообщали о новых нападениях дементоров и пожирателей, о новых смертях и загадочных исчезновениях. Между Орденом Феникса и мракоборцами Министерства начали назревать противоречия, ведь Орден был объявлен независимой организацией, что, в свою очередь било по репутации, престижу и авторитету мракоборцев.  В стране было введено военное положение. Родители боялись отпускать своих детей в Хогвартс, и лишь одно смогло убедить их сделать это. Альбуса Дамблдора, величайшего мага современности, восстановили на посту директора школы, председателя Международной Конфедерации Волшебников, Верховного чародея Визенгамота и публично принесли ему извинения.
Но даже на войне жизнь продолжается. Студенты ходят на уроки, учатся, мечтают и влюбляются. Профессор Дамблдор начинает поиск крестражей, но он пока лишь в самом начале этого долгого пути.
Не дремлют и силы тьмы. Темный Лорд один за другим разрабатывает планы по захвату власти. Его армия сильна, его поддерживают богатые и влиятельные чистокровные семьи, и он не сомневается в своей победе, даже не догадываясь о том, что узнал Дамблдор.
Вновь силы добра и зла сошлись в поединке, но кто одержит верх? Кто окажется победителем во второй войне магов?         

Это лишь отправной сюжет. Совсем не обязательно, что дальнейшие события игры будут развиваться по канону.